上古

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從西元前二世紀的西漢到七世紀的初唐，阿克蘇以姑墨一名為世人所知[4][5]，姑墨是沙漠中的綠洲城邦，當時的姑墨古城位於今日的阿克蘇南城（今新疆阿克蘇市東的喀拉玉爾袞）。同時的庫車則為龜茲國國都。西元前一世紀的姑墨國有3,500戶，24,500人口，其中有4,500人軍力。姑墨國出產銅、鐵與雌黃[6]，國土包含今日的阿克蘇市與拜城[7]，透過西域都護府與漢帝國互動。一世紀初，姑墨王殺溫宿王，把溫宿併入姑墨。後來臣從於稱霸塔里木盆地的莎車國。

三世紀後，姑墨從屬於龜茲，逐漸成為佛教城邦。629年，玄奘造訪該城，在《大唐西域記》中稱呼此地為「跋祿迦國」（Bharuka[8]、Bohuan或Baluka[9][10]）。據載，跋祿迦國東西六百里，南北三百里，有數十所說一切有部（Sarvastivadin）佛寺，僧徒千餘人，並與鄰近城邦有棉花與織品的貿易。跋禄迦國「土宜、氣序、人性、風俗、文字、法則同屈支國（龜茲），語言少異。」當時的跋祿迦語應該屬於偏東的「丙種」吐火羅語，屬於印歐語系[11]。

中古

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從七世紀到九世紀，阿克蘇由唐帝國（桃花石）、吐蕃帝國與回鶻汗國輪番統治，城邦幾經易手。當時的阿克蘇是絲路在塔里木盆地北側的樞紐，走夏特古道（冰隘）穿過天山進伊犁谷地的險路也由此經過[12]。

648年（貞觀二十二年），唐帝國填補突厥敗北後的「天可汗」之位，開始征服西域，在屈支國設立羈縻機構龟兹都督府，是安西四鎮之一，隔年，唐將安西都護府遷到龜茲，焉耆、龜茲、于闐（今和田）、疏勒（今喀什）四鎮隸屬於安西都護府。658年，唐在跋禄迦設置姑墨州，溫宿設置温肅州，並在姑墨州建造撥換城（Buat-ɦuɑn）。吐蕃在670年攻下撥換城，但唐又在692年奪回。

717年，撥換城之戰爆發。八月十五日，阿拉伯人、吐蕃與西突厥突騎施（Türgesh）部蘇祿可汗（Suluk Khan）結盟，包圍撥換城與大石城（Dai-dʑiᴇk-dʑiᴇŋ，今烏什縣）[13][14]。唐軍由湯嘉惠率領，聯合葛邏祿與西突厥的阿史那獻前來解圍[15]。阿拉伯軍遭到反擊，撤退到塔什干，許多阿拉伯士卒被俘，但隨後在倭馬亞王朝哈里發支付贖金後獲釋[16][17]。戰爭之後，阿拉伯人被逐出河中地區北部。突騎施歸附於唐，隨後攻打了費爾干納的阿拉伯人。

720年後，吐蕃勢力再次北進塔里木盆地，唐軍也在740年代再度進駐安西。751年怛羅斯戰役使唐軍元氣大傷，原先的安西四鎮成為吐蕃和回鶻的勢力範圍。790年，撥換城再度由吐蕃入主。840年，漠北回鶻汗國解體，一部份回鶻人以高昌國（今吐魯番）為根據地，建立高昌回鶻，撥換城也成為高昌回鶻的勢力範圍，並開始使用突厥語名稱阿克蘇。十一世紀後，由於喀喇汗國的影響，阿克蘇開始伊斯蘭化。十二世紀，阿克蘇隨著高昌回鶻臣屬於西遼（喀喇契丹）。

1208年，高昌回鶻放棄西遼，改為效忠成吉思汗，在1224-1227年間，阿克蘇是曼尕賴（Mangalai）的國都，之後一度成為窩闊台汗國（Ögedeids）領地，在1286年被察合台汗國奪走，此後由察合台系統治將近三百年，當時的察合台語演變至今成為維吾爾語。在帖木兒汗國與東察合台汗國（蒙兀兒斯坦）的紀錄中，此城都有重要的經貿地位。1570年，東察合台汗國（此時為吐魯番汗國）最後一任可汗馬速被葉爾羌汗國俘虜，阿克蘇成為突厥與蒙古軍閥的根據地，並由和卓管治，臣屬於葉爾羌汗國與後來的準噶爾汗國。

近現代

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1757年（乾隆二十二年），清軍擊潰準噶爾，入主新疆，隔年設立阿克蘇辦事大臣。

光緒八年（1882年）以東四城（焉耆、庫車、阿克蘇、烏什）置阿克蘇分巡兵備道，以阿克蘇置溫宿直隸州。

光緒九年（1883年）完成建州工作並修建阿克蘇新城，亦稱漢城，為阿克蘇道和溫宿直隸州治所。

光緒二十八年（1902年）升溫宿直隸州為府。

1913年（民國二年）4月，溫宿府本府改置阿克蘇縣，屬阿克蘇道。

1928年（民國十七年），國民政府改阿克蘇道為阿克蘇行政區。

1933年（民國二十二年），更名為第四行政區並設立行政長官公署。

1943年（民國三十二年），第四行政區改為第四區行政督察專員公署。

1949年，設阿克蘇專區，专员公署驻阿克苏县。

1958年5月撤銷溫宿縣，其行政區域併入阿克蘇縣。

1962年恢復溫宿縣建制。

1978年11月，改為阿克蘇地區行政公署。

1983年8月19日，撤銷阿克蘇縣，設立縣級阿克蘇市。

2013年1月，將阿克蘇市802.733平方公里、阿瓦提縣474.208平方公里、柯坪縣61.798平方公里區域（共1338.739平方公里）劃歸阿拉爾市管轄。

2019年12月，撤銷庫車縣，設立縣級庫車市。